Kladská Nisa pramení v masivu Králického Sněžníku na svazích Klepého (pol. Trójmorski Wierch). Dále protéká Kladskou kotlinou, Bardskými vrchy, Vidnavskou nížinou, údolím Kladské Nisy do Vratislavské doliny. Zvláště malebná je její soutěska Bardských vrchů mezi Morzyszówem a Bardem, kde řeka protéká několika meandry. Do Odry se vlévá u obce Dobrzeń Wielki v Opolském vojvodství u jezu Rybna. Řeka je dlouhá 182 kilometrů.
Pramennou oblastí Kladské Nisy jsou hory Puchacz a Klepý/Trójmorski Wierch. Z pramenů jsou silnější dva, z nichž jeden je tradičně považován za pramen Kladské Nisy v nadmořské výšce 920 m n. m. a druhý je v nadmořské výšce kolem 940 m n. m. Výlet k pramenům je nejlépe začít na parkovišti v Jodlowě; je třeba si pořídit turistickou mapu nebo využít mapy dostupné na internetu, např. na geoportálu nebo na mapy.cz.
Velmi zajímavým místem v povodí řeky Kladské Nisy jsou Romanovské prameny, rozsáhlý komplex vývěrů neboli krasových pramenů v pohoří Krowiarek v Kladské kotlině. Nacházejí se mezi vrcholy Słupiec (531 m) a Wapniarka (518 m), v údolí potoka Piotrówka u obce Romanowo. V potoce se nachází ponor, tj. krasové propadání, kdy povrchová voda stéká do podzemí a vytváří chodby, kterými později opět vyvěrá na povrch. V oblasti se nacházejí další ponory, které přivádějí vodu k Romanovským pramenům. Odtékající voda má stálou teplotu 9–10 °C. V pramenech žijí endemické druhy vířníci a vzácný chráněný plž praménka karpatská, která je glaciálním reliktem. Pod Romanovskými prameny prochází žlutá turistická značka z obce Żelazno do sedla Puchaczówka.
Hlavními přítoky Kladské Nisy jsou na jejím horním toku Bystrzyca (Łomnicka), Łomnica, Bystrzyca Dusznicka a Ścinawka (levostranné přítoky) a Wilczka a Biała Lądecka (pravostranné přítoky). Část údolí řeky Bystrzyca Lomnicka na jejím středním a horním toku od Nové Bystřice (proti proudu až po Zielony Most na vrchovině Bystřických hor je cenným územím Natura 2000, které je důležité pro zachování biologické rozmanitosti v regionu.
Řeka Bystrzyca Dusznicka pramení v Orlických horách a vytváří četné soutěsky, z nichž jednou je Piekielna Dolina mezi obcemi Szczytna a Polanica, jejíž pískovcové stěny místy dosahují výšky až 200 m. Cenné přírodní prvky a turistická infrastruktura zde spoluvytvářejí zajímavou přírodní a kulturní krajinu chráněnou v rámci soustavy Natura 2000.
Ścinawka je skutečně příhraniční řekou, jejíž horní a dolní tok se nachází v Polsku a střední protéká v Českou republikou. Na dlouhém úseku se vine podél skalních útesů, což se odráží v jejím českém a německém názvu (Stěnava a Steine).
Řeka Biała Lądecka (Landecká Bělá) a její povodí mají typicky horský charakter. Údolí řeky odděluje pohoří Góry Złote od pohoří Góry Bialskie a Krowiarki. Kuriozitou je změna toku řeky za pohořím Radoszka mezi Landekem a Radochowem, která je patrná v reliéfu. Před zvrásněním Sudet tekla Biała Lądecka v tomto místě na sever směrem k dnešnímu průsmyku Różaniec. Rychlost zvedání pohoří však byla rychlejší než hloubení koryta řeky, takže se tok obrátil směrem k prohlubni a řeka nyní teče na západ a u Krosnowic se vlévá do Kladské Nisy. Údolí řeky Biała Lądecka od Goszowa po Trzebieszowice je chráněno v rámci soustavy Natura 2000 a je mimo jiné domovem vzácného lakušníku štětičkového.
Kladská Nisa a její přítoky se po staletí rozlévají a ohrožují vesnice a města v Kladské oblasti. Po poslední velké povodni v roce 1997 se začalo s projektováním a výstavbou čtyř suchých protipovodňových nádrží (poldrů). Poldr Roztoki byl uveden do provozu v roce 2021, poldr Boboszów v roce 2023, poldr Krosnowice čeká na dokončení a poldr Szalejów Górny by měl být hotov do konce roku 2024. Konstrukce nádrží umožňují migraci ryb a obsahují i žulové komory určené pro netopýry.