Nysa Kłodzka wypływa ze źródeł w Masywie Śnieżnika na zboczach Trójmorskiego Wierchu. Następnie płynie przez Kotlinę Kłodzką, Góry Bardzkie, Obniżenie Otmuchowskie, Dolinę Nysy Kłodzkiej do Pradoliny Wrocławskiej. Szczególnie malowniczy jest jej przełom przez Góry Bardzkie pomiędzy Morzyszowem a Bardem, gdzie płynie kilkoma meandrami. Uchodzi do Odry koło Dobrzenia Wielkiego w woj. opolskim przy jazie Rybna. Ma 182 km długości.
Obszar źródliskowy Nysy Kłodzkiej to polskie stoki Puchacza i Trójmorskiego Wierchu, z widocznych źródeł dwa biją intensywniej, jedno z nich tradycyjnie uznawane za źródło Nysy na wysokości 920 m n.p.m. i drugie najsilniejsze na wysokości około 940 m n.p.m. Wycieczkę do źródeł najlepiej zacząć na parkingu w Jodłowie, trzeba zaopatrzyć się w mapę turystyczna lub skorzystać z map dostępnych w Internecie np. na geoportalu lub w serwisie mapy.cz.
Główne dopływy Nysy Kłodzkiej w jej górnym biegu na terenie ziemi kłodzkiej to Bystrzyca (Łomnicka), Łomnica, Bystrzyca Dusznicka i Ścinawka (lewostronne) oraz Wilczka i Biała Lądecka (prawostronne).
Część doliny rzeki Bystrzycy Łomnickiej w jej środkowym i górnym biegu od Nowej Bystrzycy w górę biegu do Zielonego Mostu na wierzchowinie Gór Bystrzyckich to cenny przyrodniczo obszar Natura 2000, ważny dla zachowania bioróżnorodności w regionie.
Mająca źródło w Górach Orlickich Bystrzyca Dusznicka tworzy liczne przełomy, jednym z nich jest Piekielna Dolina między Szczytną a Polanicą, której piaskowcowe ściany dochodzą miejscami do 200 m. Cenne elementy przyrodnicze i infrastruktura stworzonej przez człowieka współtworzą tu interesujący krajobraz przyrodniczo-kulturowy chroniony w ramach Natury 2000.
Ścinawka to prawdziwa rzeka pogranicza, której górny i dolny bieg znajdują się w Polsce, a środkowy w Czechach. Na długim odcinku płynie wzdłuż skalnych urwisk, co znajduje wyraz w jej czeskiej i niemieckiej nazwie (Stanava i Steine).
Biała Lądecka i jej dorzecze mają typowo górski charakter. Dolina rzeki oddziela Góry Złote od Gór Bialskich i od Krowiarek. Ciekawostką jest widoczna w ukształtowaniu terenu zmiana biegu rzeki za górą Radoszką między Lądkiem a Radochowem. Przed wypiętrzeniem Sudetów Biała Lądecka płynęła w tym miejscu na północ w kierunku dzisiejszej przełęczy Różaniec. Tempo wznoszenia gór było jednak szybsze niż żłobienie koryta rzecznego, dlatego nurt skierował się w stronę obniżenia terenu i rzeka płynie teraz na zachód, uchodząc do Nysy Kłodzkiej w Krosnowicach. Dolina Białej Lądeckiej od Goszowa do Trzebieszowic jest objęta ochroną w ramach sieci Natura 2000. Występuje tu mi.in. rzadki w Polsce włosienicznik (jaskier) pędzelkowaty.
Nysa Kłodzka i jej dopływy przez stulecia wylewały, niszcząc wsie i miasteczka na ziemi kłodzkiej. Po ostatniej wielkiej powodzi w 1997 r. rozpoczęto projektowanie i budowę czterech suchych zbiorników przeciwpowodziowych. W 2021 r. oddano do użytku polder w Roztokach, w 2023 r. w Boboszowie, na oddanie do użytku czeka zbiornik w Krosnowicach, a ten w Szalejowie Górnym ma być gotowy do końca 2024 r. Konstrukcje obiektów umożliwiają migrację ryb, stworzone w nich także zostały granitowe komory dla nietoperzy.